UZMANINA SOR ENFEKSİYON HASTALIKLARI VE MİKROBİYOLOJİ UZMANI DR. TUNCAY BATUR

RÖPORTAJI İZLEMEK İÇİN 

Truva’daki 800 Yıllık Kadının Kaburgasında Kireçlenmiş Apseler Bulundu

Homeros’un İlyada’sından geçen efsanevi şehir Truva yakınlarındaki bir mezarlıkta, 800 yıl önce gömülmüş bir kadının kaburgasında çilek boyutunda iki tane nodül bulundu.

800 yıl önce, bir zamanlar antik dünyanın efsanevi şehirlerinden olan Truva’nın eteklerinde, tarımla geçinen toplumun üyesi olan 30 yaşında bir kadın, taşlarla çevrili bir mezara gömüldü. Bizans mezarlığında bulunan diğer iskeletler gibi, kadının iskeleti de açık bir şekilde yoğun tarımsal aktivitelerin izlerini taşıyordu.

Fakat Tübingen Üniversitesi’nden Truva Projesi’ne bağlı bir arkeolog olan Henrike Kiesewetter, bu kadının kaburgalarının altında, her biri çilek büyüklüğündeki iki tane kireçlenmiş nodül farketti.

Patojenlerin evrimi üzerine uzman ve tıp ve tıbbi mikrobiyoloji profesörü Caitlin Pepperell, “İlk düşüncemiz, bunların tüberkülozdan kaynaklı ur olduğuydu.” diyor. Bakteriyel bir enfeksiyon olan tüberküloz çoğunlukla akciğerlerde veya diğer dokulardaki kireçlenmiş nodüllerin büyümesiyle tanımlanıyor. Ancak, yuvarlak beyaz taşların DNA, elemental ve mikroskobik analizi, olasılıklar arasından tüberkülozu ve böbrek taşını çıkardı.

Araştırmacılar, kaburgadaki nodülleri açtığında, son derece patojenik S. aureus içeren bir familya olan Staphylococcus cinsinden bakterilere çok benzeyen olağanüstü derecede iyi korunmuş mikrofosiller, mineralize “hayalet hücreleri” keşfettiler.

Nodüller ve konsantre kalsiyum katmanlarının içine sıkışan DNA, McMaster Üniversitesi’nden Antik DNA uzmanı Hendrik Poinar’a gönderildi.

Poinar, “Şaşırtıcı bir şekilde, bu örnekler, kadına bulaşan ve muhtemelen ölümüne neden olan iki bakteri türü olan Staphylococcus saprophyticus ve Gardnerella vaginalis’in genomlarını tam olarak yeniden oluşturmak için yeterli DNA sağladı.” diyor. Gardnerella vaginalis örneği modern bakterilerle aynı olsa da, 800 yıl önce ölmüş olan kadını etkileyen Staphylococcus saprophyticus, hayvanlarda bulunan suşlarla daha yakından uyumluydu. Fakat bu sonuç, dönemin köylüleri tipik olarak hayvanlarıyla içiçe yaşadıkları için belki de şaşırtıcı değil.

Pepperell, “Staphylococcus saprophyticus hakkında öğrendiğimiz en etkileyici şey, onu modern verilerle karşılaştırdığımızda, çok sıvı bir organizma gibi görünmesi. İdrar yolu enfeksiyonlarına neden olabilir ancak aynı zamanda çevreye de bulaşabilir. Oldukça çeşitli ortamlar arasında hareket etme konusunda gerçekten yetenekli görünüyor.” diyor.

Bu hafta (10 Ocak 2017) eLife dergisinde Pepperell ve Poinar’ın başını çektiği bir ekibin yayımladığı araştırma, bu ölümcül enfeksiyonun moleküler bir resmini ortaya koyuyor. Araştırma, Bizans İmparatorluğu’nun geç dönemlerinde, 13. yüzyılın başlarında yaşanan günlük yaşamdaki tehlikelere ve ayrıca yaygın bir bakteri patojeni olan Staphylococcus saprophyticus’un evrimine ışık tutuyor.

Hamilelik kadının ölümüne sebep olmuş olabilir

Pepperell, kadın canlı haldeyken oluşan nodüllerin, bakteri patojenlerini kalsiyum içinde tuttuğunu ve genetik materyalini koruduğunu belirtiyor. “Kireçlenme, DNA’yı küçük kutular şeklinde sakladı ve 800 yıllık bir zaman boyunca aktardı. Bu nodüllerde, Antik DNA’nın miktarı ve bütünlüğü olağanüstüydü.” diyor. ”

Pepperell, nodüllerin aynı zamanda kadının insan DNA’sını ve onun muhtemel erkek fetüsünün DNA’sını da barındırdığını, ancak korunmuş DNA’nın %31 ila %58’inin, kadının enfeksiyonundan sorumlu olan bakterilerden geldiğini söylüyor. Pepperell, “Bu maddenin korunma şekli hakkında gerçekten enteresan bir şey vardı. Genetik verilerin kalitesi son derece eşsiz.” diyor.

Fiziksel kanıtlar, kadının ölüm nedeninin, plasentada bakteriyel bir enfeksiyon olan korioamniyonit, amniyon sıvısı ve fetüsü çevreleyen membranlar olduğunu gösteriyor. Araştırmacılar, kadının DNA’sına ve enfeksiyona neden olan bakteriye ek olarak, Antik Y kromozom DNA’sını, yani muhtemelen bir erkek fetüsün DNA’sını tespit ettiler. Bu sonuca göre kadının, hamilelik sırasında öldüğü anlaşılıyor.

Hamilelik sürecindeki kadındaki bakterileri değerlendiren Poinar, “Bunun başka bir örneği yok. Bugüne kadar anne sağlığı ve ölümü hakkında neredeyse hiç arkeolojik kanıtımız yoktu.” diyor.

Antik kemiklerden DNA çıkarabilmek ve ölümcül bir enfeksiyona neden olan mikroorganizmaların genomlarını yeniden oluşturmak, 800 yıl önceki kırsal günlük yaşamı anlamaya yardımcı oluyor.

Bakteriler ve virüsler evrimleşip insanları hasta ettiğinde, bunu çözmenin bir yolu, antik bakteri örneklerini incelemek ve bu bakterinin modern versiyonunun zaman içinde antibiyotiklere direnmek için nasıl değiştiğini görmek için DNA dizilimini yapmak.

“Bakteriler patojene dönüşür ve hastalıklara neden olurlar, çünkü bağışıklık sistemlerimizle nasıl başa çıkacaklarını çözerler.” diyor ve şöyle devam ediyor; “Bu kadının yaşamı oldukça zorluydu; dişlerini kaybetmişti, kemiklerinde kronik enfeksiyon vardı ve çocuk sahibi olabilecek yaştaki pek çok kadın gibi, gebelik sırasında komplikasyonlardan öldü. Bu mezarlıkta bulunan iskeletlerin yarısından fazlasında, muhtemelen zorlayıcı fiziksel aktiviteler nedeniyle görülen omurga ve eklem dejenerasyonu belirtileri var.”

Wisconsin-Madison Üniversitesi. 10 Ocak 2017.

 

Makale: A molecular portrait of maternal sepsis from Byzantine Troy. January 10, 2017. eLife.

 

BNT162b2 (Pfizer-BioNtech) aşısı hatırlatma dozu (3. doz): NEJM makalesi

 

İsrailde 60 yaş ve üzeri çok sayıda katılımcının yer aldığı bu çalışmada; doğrulanmış COVID-19 vakalarının ve ciddi hastalık oranlarının 3. doz (hatırlatma dozu) aşı olan grupta tam doz (2 doz) aşı olan gruba kıyasla anlamlı bir şekilde daha düşük olduğu tespit edilmiş.

 

Makalenin tam metni için lütfen tıklayınız.

 

 

BNT162b2 (Pfizer-BioNtech) aşısı 6 aylık takipte güvenlik ve etkinlik verileri

NEJM’de yayınlanan ve BNTb162b2 aşısının 6 aylık takip boyunca etkinlik ve güvenlik verilerini analiz eden bu randomize, plasebo kontrollü, faz 1-2-3 çalışmada; aşı etkinliğinin takip boyunca giderek azalmakla beraber hala yüksek olduğunu ve ciddi yan etki oranlarının plasebo kolu ile benzer olduğunu gösteriyor.

 

Makalenin tam metni için lütfen tıklayınız tıklayınız.

Kızamık, Büyük Şehirler Kurulduğunda Ortaya Çıkmış

3 Haziran 1912’de, Charité Üniversite Hastanesi’nde 2 yaşında bir kız çocuğu kızamık enfeksiyonundan sonra pnömoniden öldü. Ertesi gün, doktorlar ciğerlerini çıkardılar, formalin içine koydular ve onları “patolojinin babası” Rudolf Virchow tarafından başlatılan bir anatomik örnek koleksiyonuna eklediler. Orada 100 yıldan fazla bir süredir öylece duruyorlardı; ta ki Robert Koch Enstitüsü’nde evrimsel biyolog olan Sebastien Calvignac-Spencer, Berlin Tıp Tarihi Müzesi’nin bodrum katında onlara rastlayana kadar.

Bilim insanları 1912’de ölen bir kızın korunmuş ciğerlerinden kızamık virüsü genomu almayı başardılar. C:

Calvignac-Spencer ve ekibi akciğerlerden bir örnek aldı, RNA’yı bu örnekten ayırdı ve daha sonra kızamık virüsünün bilinen en eski genomu ile birleştirdi. Bu genomun dizilemesi, ekibin kızamığın tarihinin çok daha erken dönemlerine ışık tutmasına yardımcı oldu. Bugün, bir ön baskı sunucusu olan bioRxiv’e gönderilen bir çalışmada, ekip, virüsün, önceki araştırmaların öne sürdüğünün aksine Orta Çağ’da değil, MÖ 4. yüzyılda insan popülasyonunun arasına girmiş olabileceği sonucuna vardı.

Arizona Üniversitesi’nden evrimsel biyolog Mike Worobey, “Sadece bu eski, ıslak örneklerden kızamık virüsünü çıkarabilmek teknik olarak mükemmel.” diyor. “Bu buluş, her türlü heyecan verici iş için zemin hazırlıyor.”

Arizona Eyalet Üniversitesi, Tempe’deki bulaşıcı hastalıkların tarihçisi Monica Green, dizilemeyi “çok etkileyici” olarak nitelendiriyor, ancak çalışmanın, kızamığın ortaya çıkması hakkında “belirleyici cevaplar sağlamak” için yeterli veriden yoksun olduğunu söylüyor. Makale yazarları da onunla aynı fikirde. Doğal olarak mumyalanmış veya donmuş vücutlarda korunan antik çağlardan gelen dizilemelerle bir gün bunun başarılabileceğini umuyorlar.

2017 yılında tahminen ‪142.000‬ kişiyi öldüren kızamık, en bulaşıcı insan hastalıklarından biri. Fakat ne zaman, nerede ve nasıl bir insan patojeni haline geldiği hala tartışılıyor. Kızamık virüsünün en yakın akrabası, 2011 yılında yok edilmeden önce sığır, geyik, manda ve diğer çift toynaklı türleri etkileyen bir hastalık olan sığır vebasıydı. Çoğu araştırmacı, her iki virüsün de sığırları enfekte eden ortak bir ataya sahip olduğuna inanmakta. Green, “Sorun şu ki kızamık, tarihsel hastalık tanımlarında pek görülmüyor.” diyor.

Formalinle sabitlenen akciğer, kızamıkla ilgili pnömoniden ölen 2 yaşındaki bir kızdan 1912’de Berlin’de çıkarıldı.

Kızamık çok hızlı yayıldığından ve enfeksiyon hayat boyu bağışıklığa neden olduğundan, bilim insanları virüsün kendini yok etmemesi için ‪250.000‬ ila yarım milyon insan popülasyonuna ihtiyaç duyduğunu tahmin ediyor. Tarihçiler, en büyük şehirlerin nüfusunun MÖ 4. yüzyılda bu boyuta ulaştığına inanıyorlar. Ancak Japonya’daki araştırmacılar, filogenetik bir ağaç oluşturmak için mevcut kızamık ve sığır vebası virüslerinin genomlarını kullandıklarında, dalları tarihlendirmeyi başardılar. 2010 yılında, kızamığın 11. veya 12. yüzyıla kadar ortaya çıkmadığı sonucuna vardılar.

Belirsizlik, kısmen, tarihi dizileme eksikliğinden kaynaklanıyor. 1990’dan önce meydana gelmiş kızamık virüslerinden sadece üç genom biliniyor; en eskisi, 1954 yılında izole edilmiş, ilk kızamık aşısına dönüşen genomdu. Calvignac-Spencer, Berlin Müzesi’nin raflarını, içleri formalinli cam şişelerde yüzen binlerce doku ve organla dolu insan anatomisi akvaryumuna dönüştürdü.

Formalin, kızamık genomunun proteinleri (RNA dahil) ve diğer büyük molekülleri çapraz bağlayarak dokuyu sabitler. Bu tür numunelerden RNA çıkarmak için, bilim insanları formalinle sabitlenmiş biyopsilerle ilgilenen kanser araştırmacıları tarafından yaklaşık 10 yıl önce bulunan teknikleri kullanıyorlar.

Calvignac-Spencer, “Onları 15 dakika boyunca 98°’ye koyduk ve bu çapraz bağlarını kopardık” diyor. Bu aynı zamanda RNA’yı da parçalara ayırır, ancak modern yöntemler bilim insanlarının bu parçaları dizilemesine ve bir araya getirmelerine olanak sağlıyor.

Calvignac-Spencer’ın ekibi, 1912 genomunu kullanarak ve 1960’taki başka bir koleksiyondan bir örneği ve mevcut diğer genomları bir araya getiren yeni bir filogenetik ağaç çizdi. Ortaya çıkan bu ağaç, hastalığın MÖ 345 gibi erken bir zamanda insanlara geçmiş olabileceğini gösteriyor. Yani tam insan popülasyonları kritik boyuta ulaştığı sırada.

Kızamığın ortaya çıktığı düşünülen daha erken tarih, ekibin virüs dizilemelerini analiz etmek için kullandığı modelleri de yansıtıyor. Genomlardaki farklılıkları kullanarak bir soy ağacı hazırlarken, araştırmacılar virüs genomlarının birbirlerinden farklılaşma hızını tahmin etmelidir. Bazı zararlı mutasyonlar zamanla yok olma eğiliminde olduğundan, geçmişte bu farklılaşma hızıyla ilgili tahminleri genellikle çok yüksekti. Yeni model, saflaştırma seçimi adı verilen bu etkiyi açıklar, 1912 genomunu eklemeden bile kızamık ve sığır vebası arasındaki farklılığı geri iter. Ancak Calvignac-Spencer, genomun yeni zaman çizelgesini güçlendirdiğini söylüyor.

“Araştırmacılar, kızamık virüsünün önce insanlar arasında yayıldığı ve daha sonra sığırlara geçmiş olabileceğini göz ardı etmiyorlar, ama bu çok mümkün gözükmüyor”, diyor Almanya, Hannover Veteriner Üniversitesi’nden Albert Osterhaus.

Birincisi, toynaksız hayvan sürülerinin popülasyonları muhtemelen insanlardan çok önce kritik boyuta ulaştı. İki virüsün en yakın akrabası, daha da eski ve büyük olasılıkla insanlara kıyasla sığırlara daha kolay geçen bir koyun ve keçi hastalığı olan peste des petits ruminants’a neden olur.

Benzer çalışmalar, insan popülasyonu yapısındaki büyük değişikliklerin ardından HIV ve diğer patojenlerin de başladığını ileri sürdü. “Görünüşe göre insan ekolojisindeki değişiklikler ile bu virüslerin başarılı bir şekilde ortaya çıkması aynı zamana denk geliyor.”

Müze müdürü Thomas Schnalke, RNA virüsünü çok eski örneklerden çıkarabilmenin Virchow koleksiyonuna ilgiyi artırdığını söylüyor. “Araştırmacıların gelip, ‘örnekleriniz bizim ilgimizi tekrar çekti’ demeleri bizim için bir tür devrimdi.” Calvignac-Spencer zaten turuncu çıkartmalarla çalışmak istediği ek örnekleri etiketledi. “Bu çok değerli bir hazine” diyor. “Bugünden geçmişe açabileceğimiz bir pencere.”

Science Mag. 30 Aralık 2019.

 

Makale: Düx, A., Lequime, S., Patrono, L. V., Vrancken, B., Boral, S., Gogarten, J. F., … & Santibanez, S. (2019). The history of measles: from a 1912 genome to an antique origin. bioRxiv.

Antik DNA’ya Göre Vikingler Çiçek Hastalığına Yakalanmış

Antik çiçek hastalığı virüslerinin DNA’sı, Viking çağında Kuzey Avrupa’da yaşayan bir düzine insanın kemiklerinde ve dişlerinde bulundu.

Viral DNA’nın doğrudan kanıtları, çiçek hastalığının en az 603 yılından beri insanları enfekte ettiğini gösteriyor. C: Thames Valley Archaeological Services

Beklenmedik bir şekilde bu çiçek hastalığı suşları, 20. yüzyılda elenen suştan oldukça farklı ve muhtemelen çok daha az ölümcüldü.

Tarihi kayıtlar ve Mısır mumyalarında bulunan lezyonlar, çiçek hastalığına neden olan Variola virüsünün binlerce yıldır insanları muzdarip ettiğini gösteriyor. Şimdi ise Cambridge Üniversitesi’nden Barbara Mühlemann ve meslektaşları ilk kesin kanıtlara sahip.

Araştırmacılar, Avrasya ve Amerika’da 30.000 ila 150 yıl önce yaşayan yaklaşık 2.000 kişiden, daha önce dizilenmiş DNA’da viral sekanslar arayarak başladılar. “Muhtemelen birçok insan virüsten öldü”

Bu insanlarda viral DNA, kalıntılarında bulunabilir ve kendi DNA’larıyla birlikte dizilenmiş olabilir. Ekip 26 kişide Variola DNA belirtileri buldu.

Daha sonra orijinal numunelerde daha fazla viral DNA aradılar. Bunu, 11’i 600 ile 1050 arasında ölen 13 kişide buldular. Bu tarih aralığı, 793’ten 1066’ya kadar süren Viking çağına denk geliyordu.

Bu kişilerin çoğu İskandinavya’da ya da günümüzde Batı Rusya olan bölgede ölmüştü. Üç tanesi Baltık Denizi’ndeki Öland denilen bir adada, biri MS 700 civarında bir tekne mezarında, diğer ikisi MS 1000 civarında ayrı mezarlarda bulundu. Son ikisi muhtemelen aynı salgında ölmüştü.

Araştırmacılar İsveç’te bulunan 1.200 yıllık çiçek hastalığı ile enfekte olmuş Viking iskeleti gibi insan dişlerinden ve kemiklerinden viral DNA izole etti. C: The Swedish National Heritage Board

Variola virüsü, İngiltere, Oxford’taki toplu mezarda gömülmüş bir adamda da bulundu; bu mezardaki 35 erkeğin de şiddetli bir şekilde öldürülmüş olması dikkat çekiciydi. Bu kişilerin, Ethelred’in İngiltere’deki tüm Danimarkalıların ölümünü emrettikten sonra 1002’de öldürülen Viking savaşçıları oldukları düşünülüyor.

Mühlemann dört vakada neredeyse tüm viral genomları elde edebildi. Bunların ortaya çıkardığı şey beklenmedikti.

Variola virüsünün atası muhtemelen hayvanlarda dolaşan bazı çiçek virüslerine benzer şekilde yaklaşık 200 gene sahipti. 20. yüzyılda (3 kişiden 1’ini öldüren) aşılama ile ortadan kaldırılan suş, yaklaşık 30 gen kaybetti.

Mühlemann’ın dizilediği suşlar, bu 30 genin sadece yarısını kaybetmişti. 20. yüzyıl virüsü ile aynı atadan gelmelerine rağmen, o salgına yol açan suşlar değillerdi. Bunun yerine, şimdi soyu tükenmiş bir yan dalı oluşturuyorlardı.

Araştırmanın yazarlarından Terry Jones, “Düşündüğünden çok daha karmaşık.” diyor.

İsveç’te bir Viking mezar alanı. C: Alamy

Araştırmaya dahil olmayan Antonio Alcamí, “Tam 200 gen setine sahip suşlar tipik olarak sadece hafif hastalığa neden olur.” diyor. Alcami, Viking dönemi virüs türünün 20. yüzyıldakinden daha az ölümcül olduğunu düşünüyor. “Muhtemelen öldürebiliyordu ama o kadar da korkunç değildi.”

Bu durum, şu geleneksel düşünce ile çelişiyor: Virüsler insanlara ilk sıçradıklarında en ölümcül hallerinde olurlar ve daha az ölümcül hallerine doğru evrilirler; çünkü ciddi hastalığa neden olan virüslerin yayılma olasılığı daha düşüktür.

Alcami, “Neden daha öldürücü hale geldiği anlamsız.” diyor.

Ekibin kendisi, şu ya da bu şekilde herhangi bir iddiada bulunmuyor çünkü Alcamí gibi immünolog değiller. Mühlemann, “Bu virüsün geçmişte daha az öldürücü olduğunu kesin olarak söyleyemeyeceğimizi düşünüyoruz.” diyor.

Bu tür çeşitliliğe dair bir açıklama, çiçek hastalığı virüsünün hayvanlardan insanlara bir kereden fazla geçmiş olması.

Giderek daha fazla sayıda insana maymun çiçeği virüsü (ismine rağmen normal konakçısı bilinmeyen) bulaşıyor, ancak şu ana kadar insandan insana sürekli bir yayılma olmadı. Mühlemann, “Vakalardaki artış, hastalığın ortadan kaldırılmasından sonra, insanların artık çiçek hastalığına karşı aşılanmadığı gerçeğinden kaynaklanabilir.” diyor.

---

New Scientist. 23 Temmuz 2020.

Makale: Mühlemann, B., Vinner, L., Margaryan, A., Wilhelmson, H., de la Fuente Castro, C., Allentoft, M. E., … & Bill, J. (2020). Diverse variola virus (smallpox) strains were widespread in northern Europe in the Viking Age. Science, 369(6502).

mRNA aşıları COVID-19 ilişkili hospitalizasyonu önlüyor!!

Amerika’da 13 eyaletin dahil edildiği geniş çaplı bir çalışmada; mRNA aşılarının hospitalizasyonu önlemede ne denli başarılı olduğu net bir şekilde gösterilmiş.

Makalenin tam metni için tıklayınız.

BNT162b2 mRNA Covid-19’un Güvenliği

Ulusal Bir Ortamda Aşı

Makale için tıklayınız

Varyant Virüs Ne Demektir?