Kızamık, Büyük Şehirler…

Kızamık, Büyük Şehirler Kurulduğunda Ortaya Çıkmış

3 Haziran 1912’de, Charité Üniversite Hastanesi’nde 2 yaşında bir kız çocuğu kızamık enfeksiyonundan sonra pnömoniden öldü. Ertesi gün, doktorlar ciğerlerini çıkardılar, formalin içine koydular ve onları “patolojinin babası” Rudolf Virchow tarafından başlatılan bir anatomik örnek koleksiyonuna eklediler. Orada 100 yıldan fazla bir süredir öylece duruyorlardı; ta ki Robert Koch Enstitüsü’nde evrimsel biyolog olan Sebastien Calvignac-Spencer, Berlin Tıp Tarihi Müzesi’nin bodrum katında onlara rastlayana kadar.

Bilim insanları 1912’de ölen bir kızın korunmuş ciğerlerinden kızamık virüsü genomu almayı başardılar. C:

Calvignac-Spencer ve ekibi akciğerlerden bir örnek aldı, RNA’yı bu örnekten ayırdı ve daha sonra kızamık virüsünün bilinen en eski genomu ile birleştirdi. Bu genomun dizilemesi, ekibin kızamığın tarihinin çok daha erken dönemlerine ışık tutmasına yardımcı oldu. Bugün, bir ön baskı sunucusu olan bioRxiv’e gönderilen bir çalışmada, ekip, virüsün, önceki araştırmaların öne sürdüğünün aksine Orta Çağ’da değil, MÖ 4. yüzyılda insan popülasyonunun arasına girmiş olabileceği sonucuna vardı.

Arizona Üniversitesi’nden evrimsel biyolog Mike Worobey, “Sadece bu eski, ıslak örneklerden kızamık virüsünü çıkarabilmek teknik olarak mükemmel.” diyor. “Bu buluş, her türlü heyecan verici iş için zemin hazırlıyor.”

Arizona Eyalet Üniversitesi, Tempe’deki bulaşıcı hastalıkların tarihçisi Monica Green, dizilemeyi “çok etkileyici” olarak nitelendiriyor, ancak çalışmanın, kızamığın ortaya çıkması hakkında “belirleyici cevaplar sağlamak” için yeterli veriden yoksun olduğunu söylüyor. Makale yazarları da onunla aynı fikirde. Doğal olarak mumyalanmış veya donmuş vücutlarda korunan antik çağlardan gelen dizilemelerle bir gün bunun başarılabileceğini umuyorlar.

2017 yılında tahminen ‪142.000‬ kişiyi öldüren kızamık, en bulaşıcı insan hastalıklarından biri. Fakat ne zaman, nerede ve nasıl bir insan patojeni haline geldiği hala tartışılıyor. Kızamık virüsünün en yakın akrabası, 2011 yılında yok edilmeden önce sığır, geyik, manda ve diğer çift toynaklı türleri etkileyen bir hastalık olan sığır vebasıydı. Çoğu araştırmacı, her iki virüsün de sığırları enfekte eden ortak bir ataya sahip olduğuna inanmakta. Green, “Sorun şu ki kızamık, tarihsel hastalık tanımlarında pek görülmüyor.” diyor.

Formalinle sabitlenen akciğer, kızamıkla ilgili pnömoniden ölen 2 yaşındaki bir kızdan 1912’de Berlin’de çıkarıldı.

Kızamık çok hızlı yayıldığından ve enfeksiyon hayat boyu bağışıklığa neden olduğundan, bilim insanları virüsün kendini yok etmemesi için ‪250.000‬ ila yarım milyon insan popülasyonuna ihtiyaç duyduğunu tahmin ediyor. Tarihçiler, en büyük şehirlerin nüfusunun MÖ 4. yüzyılda bu boyuta ulaştığına inanıyorlar. Ancak Japonya’daki araştırmacılar, filogenetik bir ağaç oluşturmak için mevcut kızamık ve sığır vebası virüslerinin genomlarını kullandıklarında, dalları tarihlendirmeyi başardılar. 2010 yılında, kızamığın 11. veya 12. yüzyıla kadar ortaya çıkmadığı sonucuna vardılar.

Belirsizlik, kısmen, tarihi dizileme eksikliğinden kaynaklanıyor. 1990’dan önce meydana gelmiş kızamık virüslerinden sadece üç genom biliniyor; en eskisi, 1954 yılında izole edilmiş, ilk kızamık aşısına dönüşen genomdu. Calvignac-Spencer, Berlin Müzesi’nin raflarını, içleri formalinli cam şişelerde yüzen binlerce doku ve organla dolu insan anatomisi akvaryumuna dönüştürdü.

Formalin, kızamık genomunun proteinleri (RNA dahil) ve diğer büyük molekülleri çapraz bağlayarak dokuyu sabitler. Bu tür numunelerden RNA çıkarmak için, bilim insanları formalinle sabitlenmiş biyopsilerle ilgilenen kanser araştırmacıları tarafından yaklaşık 10 yıl önce bulunan teknikleri kullanıyorlar.

Calvignac-Spencer, “Onları 15 dakika boyunca 98°’ye koyduk ve bu çapraz bağlarını kopardık” diyor. Bu aynı zamanda RNA’yı da parçalara ayırır, ancak modern yöntemler bilim insanlarının bu parçaları dizilemesine ve bir araya getirmelerine olanak sağlıyor.

Calvignac-Spencer’ın ekibi, 1912 genomunu kullanarak ve 1960’taki başka bir koleksiyondan bir örneği ve mevcut diğer genomları bir araya getiren yeni bir filogenetik ağaç çizdi. Ortaya çıkan bu ağaç, hastalığın MÖ 345 gibi erken bir zamanda insanlara geçmiş olabileceğini gösteriyor. Yani tam insan popülasyonları kritik boyuta ulaştığı sırada.

Kızamığın ortaya çıktığı düşünülen daha erken tarih, ekibin virüs dizilemelerini analiz etmek için kullandığı modelleri de yansıtıyor. Genomlardaki farklılıkları kullanarak bir soy ağacı hazırlarken, araştırmacılar virüs genomlarının birbirlerinden farklılaşma hızını tahmin etmelidir. Bazı zararlı mutasyonlar zamanla yok olma eğiliminde olduğundan, geçmişte bu farklılaşma hızıyla ilgili tahminleri genellikle çok yüksekti. Yeni model, saflaştırma seçimi adı verilen bu etkiyi açıklar, 1912 genomunu eklemeden bile kızamık ve sığır vebası arasındaki farklılığı geri iter. Ancak Calvignac-Spencer, genomun yeni zaman çizelgesini güçlendirdiğini söylüyor.

“Araştırmacılar, kızamık virüsünün önce insanlar arasında yayıldığı ve daha sonra sığırlara geçmiş olabileceğini göz ardı etmiyorlar, ama bu çok mümkün gözükmüyor”, diyor Almanya, Hannover Veteriner Üniversitesi’nden Albert Osterhaus.

Birincisi, toynaksız hayvan sürülerinin popülasyonları muhtemelen insanlardan çok önce kritik boyuta ulaştı. İki virüsün en yakın akrabası, daha da eski ve büyük olasılıkla insanlara kıyasla sığırlara daha kolay geçen bir koyun ve keçi hastalığı olan peste des petits ruminants’a neden olur.

Benzer çalışmalar, insan popülasyonu yapısındaki büyük değişikliklerin ardından HIV ve diğer patojenlerin de başladığını ileri sürdü. “Görünüşe göre insan ekolojisindeki değişiklikler ile bu virüslerin başarılı bir şekilde ortaya çıkması aynı zamana denk geliyor.”

Müze müdürü Thomas Schnalke, RNA virüsünü çok eski örneklerden çıkarabilmenin Virchow koleksiyonuna ilgiyi artırdığını söylüyor. “Araştırmacıların gelip, ‘örnekleriniz bizim ilgimizi tekrar çekti’ demeleri bizim için bir tür devrimdi.” Calvignac-Spencer zaten turuncu çıkartmalarla çalışmak istediği ek örnekleri etiketledi. “Bu çok değerli bir hazine” diyor. “Bugünden geçmişe açabileceğimiz bir pencere.”

Science Mag. 30 Aralık 2019.

 

Makale: Düx, A., Lequime, S., Patrono, L. V., Vrancken, B., Boral, S., Gogarten, J. F., … & Santibanez, S. (2019). The history of measles: from a 1912 genome to an antique origin. bioRxiv.

Antik DNA’ya Göre..

Antik DNA’ya Göre Vikingler Çiçek Hastalığına Yakalanmış

Antik çiçek hastalığı virüslerinin DNA’sı, Viking çağında Kuzey Avrupa’da yaşayan bir düzine insanın kemiklerinde ve dişlerinde bulundu.

Viral DNA’nın doğrudan kanıtları, çiçek hastalığının en az 603 yılından beri insanları enfekte ettiğini gösteriyor. C: Thames Valley Archaeological Services

Beklenmedik bir şekilde bu çiçek hastalığı suşları, 20. yüzyılda elenen suştan oldukça farklı ve muhtemelen çok daha az ölümcüldü.

Tarihi kayıtlar ve Mısır mumyalarında bulunan lezyonlar, çiçek hastalığına neden olan Variola virüsünün binlerce yıldır insanları muzdarip ettiğini gösteriyor. Şimdi ise Cambridge Üniversitesi’nden Barbara Mühlemann ve meslektaşları ilk kesin kanıtlara sahip.

Araştırmacılar, Avrasya ve Amerika’da 30.000 ila 150 yıl önce yaşayan yaklaşık 2.000 kişiden, daha önce dizilenmiş DNA’da viral sekanslar arayarak başladılar. “Muhtemelen birçok insan virüsten öldü”

Bu insanlarda viral DNA, kalıntılarında bulunabilir ve kendi DNA’larıyla birlikte dizilenmiş olabilir. Ekip 26 kişide Variola DNA belirtileri buldu.

Daha sonra orijinal numunelerde daha fazla viral DNA aradılar. Bunu, 11’i 600 ile 1050 arasında ölen 13 kişide buldular. Bu tarih aralığı, 793’ten 1066’ya kadar süren Viking çağına denk geliyordu.

Bu kişilerin çoğu İskandinavya’da ya da günümüzde Batı Rusya olan bölgede ölmüştü. Üç tanesi Baltık Denizi’ndeki Öland denilen bir adada, biri MS 700 civarında bir tekne mezarında, diğer ikisi MS 1000 civarında ayrı mezarlarda bulundu. Son ikisi muhtemelen aynı salgında ölmüştü.

Araştırmacılar İsveç’te bulunan 1.200 yıllık çiçek hastalığı ile enfekte olmuş Viking iskeleti gibi insan dişlerinden ve kemiklerinden viral DNA izole etti. C: The Swedish National Heritage Board

Variola virüsü, İngiltere, Oxford’taki toplu mezarda gömülmüş bir adamda da bulundu; bu mezardaki 35 erkeğin de şiddetli bir şekilde öldürülmüş olması dikkat çekiciydi. Bu kişilerin, Ethelred’in İngiltere’deki tüm Danimarkalıların ölümünü emrettikten sonra 1002’de öldürülen Viking savaşçıları oldukları düşünülüyor.

Mühlemann dört vakada neredeyse tüm viral genomları elde edebildi. Bunların ortaya çıkardığı şey beklenmedikti.

Variola virüsünün atası muhtemelen hayvanlarda dolaşan bazı çiçek virüslerine benzer şekilde yaklaşık 200 gene sahipti. 20. yüzyılda (3 kişiden 1’ini öldüren) aşılama ile ortadan kaldırılan suş, yaklaşık 30 gen kaybetti.

Mühlemann’ın dizilediği suşlar, bu 30 genin sadece yarısını kaybetmişti. 20. yüzyıl virüsü ile aynı atadan gelmelerine rağmen, o salgına yol açan suşlar değillerdi. Bunun yerine, şimdi soyu tükenmiş bir yan dalı oluşturuyorlardı.

Araştırmanın yazarlarından Terry Jones, “Düşündüğünden çok daha karmaşık.” diyor.

İsveç’te bir Viking mezar alanı. C: Alamy

Araştırmaya dahil olmayan Antonio Alcamí, “Tam 200 gen setine sahip suşlar tipik olarak sadece hafif hastalığa neden olur.” diyor. Alcami, Viking dönemi virüs türünün 20. yüzyıldakinden daha az ölümcül olduğunu düşünüyor. “Muhtemelen öldürebiliyordu ama o kadar da korkunç değildi.”

Bu durum, şu geleneksel düşünce ile çelişiyor: Virüsler insanlara ilk sıçradıklarında en ölümcül hallerinde olurlar ve daha az ölümcül hallerine doğru evrilirler; çünkü ciddi hastalığa neden olan virüslerin yayılma olasılığı daha düşüktür.

Alcami, “Neden daha öldürücü hale geldiği anlamsız.” diyor.

Ekibin kendisi, şu ya da bu şekilde herhangi bir iddiada bulunmuyor çünkü Alcamí gibi immünolog değiller. Mühlemann, “Bu virüsün geçmişte daha az öldürücü olduğunu kesin olarak söyleyemeyeceğimizi düşünüyoruz.” diyor.

Bu tür çeşitliliğe dair bir açıklama, çiçek hastalığı virüsünün hayvanlardan insanlara bir kereden fazla geçmiş olması.

Giderek daha fazla sayıda insana maymun çiçeği virüsü (ismine rağmen normal konakçısı bilinmeyen) bulaşıyor, ancak şu ana kadar insandan insana sürekli bir yayılma olmadı. Mühlemann, “Vakalardaki artış, hastalığın ortadan kaldırılmasından sonra, insanların artık çiçek hastalığına karşı aşılanmadığı gerçeğinden kaynaklanabilir.” diyor.


New Scientist. 23 Temmuz 2020.

Makale: Mühlemann, B., Vinner, L., Margaryan, A., Wilhelmson, H., de la Fuente Castro, C., Allentoft, M. E., … & Bill, J. (2020). Diverse variola virus (smallpox) strains were widespread in northern Europe in the Viking Age. Science, 369(6502).

mRNA aşıları COVID-19..

mRNA aşıları COVID-19 ilişkili hospitalizasyonu önlüyor!!

Amerika’da 13 eyaletin dahil edildiği geniş çaplı bir çalışmada; mRNA aşılarının hospitalizasyonu önlemede ne denli başarılı olduğu net bir şekilde gösterilmiş.

Makalenin tam metni için tıklayınız.

mRNA aşılarına bağlı..

mRNA aşılarına bağlı miyokardit ve perikardit gelişimi

Amerika’da elektronik medikal kayıtların incelenmesi sonucu elde edilen verilere göre; mRNA aşılarından sonra miyokardit ve perikardit görülme sıklığında aşılama öncesi döneme göre belirgin bir artış var.

Makalenin tam metni için tıklayınız.

Toplumsal Boyutta Üçüncü..

Toplumsal Boyutta Üçüncü Doz COVID-19 Aşılamasının Olası Etkileri

Üçüncü doz aşılama uygulaması hakkında görüş yazısı

JAMA’da yayınlanan bu yazıda toplum bazında üçüncü doz aşı uygulamasında bulunan ülkelere global ölçekli önemli mesajlar veriliyor.

Makalenin tam metnine ulaşmak için tıklayınız.

SARS-CoV-2 varyantlarını..

SARS-CoV-2 varyantlarını izleme

COVID-19’a neden olan sars-cov-2 de dahil olmak üzere tüm virüsler zamanla değişir. Çoğu değişikliğin virüsün özellikleri üzerinde çok az veya hiç etkisi yoktur. Bununla birlikte, virüsün ne kadar kolay yayıldığı, ilişkili hastalık şiddeti veya aşıların, terapötik ilaçların, tanı araçlarının veya diğer halk sağlığı ve sosyal önlemlerin performansı gibi bazı değişiklikler virüsün özelliklerini etkileyebilir.

Devamı..

COVID-19 Vakası Tespit..

COVID-19 Vakası Tespit Edildikten Sonra Gemide Kapalı Kalan 3000 Konuk Singapur Seyahat Gemisini Terk Ediyor

Seyahat gemisinde bir COVID-19 vakasının tespit edilmesinin ardından yaklaşık 3000 yolcu ve mürettebat günün büyük bir bölümünde kamaralarında kapalı kaldı ve konuklar Çarşamba gecesi Genting Cruise Lines’dan ayrılmaya başladılar.

Singapur Turizm Kurulu, şüpheli vakanın tespit edilmesinin ardından, 40 yaşındaki bir yolcunun gemide yapılan testinin pozitif çıktığını ve gemi Çarşamba günü erken saatlerde kıyıya yanaştıktan sonra kişinin hastaneye kaldırılmasıyla sonucun doğrulandığını açıkladı.

Kurul yaptığı açıklamada, “Yolcunun, karada teyit edilmiş bir vakanın yakın temaslısı olduğu saptandı ve sağlık protokollerinin bir parçası olarak derhal izole edildi” dedi.

Yolcular, şüpheli vakayı saat 01.00 sıralarında yapılan duyuruda öğrendiklerini ve o zamandan beri odalarında kalmalarının istendiğini söylediler.

Küresel kruvaziyer endüstrisi, pandeminin başlarında Asya sularındaki yolcu gemilerinde meydana gelen büyük salgınların ardından koronavirus pandemisinden büyük darbe aldı.

Haber İçin Tıklayınız